В подземных лабиринтах канализационной системы мегаполиса обосновались Черепашки-ниндзя. Антропоморфные бойцы, владеющие холодным оружием с поразительной ловкостью. Появилась угроза. Жозефина Бишоп, женщина с незаурядным интеллектом, занялась конструированием Мехазоидов. Боевые машины создавались с единственной целью: уничтожение мутантов. Протагонисты относятся именно к этой категории существ, столкновение неизбежно. Первое боестолкновение едва не становится фатальным для Леонардо. Эйприл О'Нил, журналистка и союзница, успевает вмешаться в критический момент. Система прицеливания оказывается несовершенной. Ассистент Жозефины получает повреждения от собственного оружия. Микеланджело приходит ему на помощь, одновременно взывая к разуму парня, убеждая прекратить безумства его руководительницы. Выясняется факт: финансирование проекта по созданию армии роботов осуществляет мистер Род. Отец Бишоп, влиятельный промышленник. О действительных намерениях дочери он не подозревает.